Existem no ISEG dez unidades de investigação e prestação de serviços, cujos domínios de actuação cobrem a generalidade das áreas científicas trabalhadas na escola. A maioria é regularmente avaliada pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia com vista à concessão de financiamento plurianual. Eis a lista das dez unidades de investigação e prestação de serviços actualmente existentes no ISEG:

• ADVANCE - Centro de Investigação Avançada em Gestão
• CEGE - Centro de Estudos de Gestão
• CEMAPRE - Centro de Matemática Aplicada à Previsão e Decisão Económica
• CEsA - Centro de Estudos sobre África e do Desenvolvimento
• CIEF - Centro de Investigação de Economia Financeira
• CIRIUS - Centro de Investigação Regional e Urbana
• CISEP - Centro de Investigação sobre Economia Portuguesa
• GHES - Gabinete de História Económica e Social
• SOCIUS - Centro de Investigação em Sociologia Económica e das Organizações
• UECE- Unidade de Estudos sobre a Complexidade na Economia

As seguintes unidades de investigação obtiveram a classificação de Excelente ou Muito Bom na avaliação de FCT: SOCIUS; CEMAPRE; GHES; UECE; CEsA.

Os fundos provenientes da prestação de serviços são parcialmente utilizados para a formação de um Fundo de Investigação do ISEG (FIISEG), que, em particular, promove anualmente um concurso para premiar os artigos publicados por docentes e investigadores do ISEG nas revistas internacionalmente mais cotadas nas áreas científicas trabalhadas na escola. É também com satisfação que se regista o aumento quantitativo e a melhoria qualitativa de tais publicações ao longo dos últimos anos, reflectidos nos resultados dos sucessivos concursos do FIISEG.